市环境保护局设11个职能处室：　

　　（一）办公室。组织协调局机关日常工作，协调局领导公务活动；承办文电、会务、机要、保密、计划生育、档案、督查、政务信息、政务公开等工作；组织起草和修改重要综合性材料；组织制定机关内部规章制度；负责建议、提案、重要批示件督办工作；负责市政府部门工作责任制目标考核；组织、指导和协调全市环境及温瑞塘保护管理宣传教育工作；指导、协调紧急、重大信访事件处理工作；负责局机关财务工作；负责机关行政后勤和安全保卫工作。

　　（二）人事处。负责局机关和直属单位机构编制及人事管理工作；承担局机关公务员和直属单位领导干部选拔任用和监督管理工作；牵头负责环境保护系统人才队伍建设；协助各县（市、区）组织部门管理环境保护行政主管部门领导干部；负责组织环保系统在职人员岗位培训、继续教育的生态环保教育培训；组织局党组中心组理论学习服务工作；负责组织局机关处室、直属单位和县(市、区)环保部门环境保护目标责任制考核；组织或审核环境保护行政奖励表彰；负责机关效能建设；负责局机关和直属单位劳动工资管理；管理局机关离退休人员；管理和指导环境科技人员技术职称评聘工作；负责局机关工作人员及直属单位班子成员因公出国政审。

　　（三）规划财务处。组织拟订并监督实施市环境保护规划和环境功能区划；根据总体规划，会同有关部门拟订温瑞塘河保护管理的详细规划、专项规划；参与拟订本市国民经济与社会发展规划；归口管理和审核各类规划中涉及环境保护的内容；参与宏观经济形势分析。负责编制提出环境保护和温瑞塘河有关财政性资金安排意见、计划，会同有关部门管理市级环保、温瑞塘河保护和建设专项资金并监督实施；审核环境保护系统收费项目及标准；组织环保专项资金绩效考核和内部审计；负责局系统政府采购监督管理、部门预算和决算；负责局系统国有资产管理和监督管理。

　　（四）政策法规处。监督并组织实施环境保护和温瑞塘河保护、建设、管理的法律、法规、政策；组织拟订环境保护有关地方性规定和标准并监督实施；负责环境保护政策调研和环保制度体系建设；组织指导和督促环境管理、环境经济政策研究；参与重大环境保护问题研究。参与处理重大环境违法行为；承办环境行政处罚、行政复议案件；组织应对行政诉讼案件；组织推进环境保护依法行政工作；负责环境保护行政执法监督和执法责任制工作；负责环境保护法律法规教育培训；提供环境保护法律咨询；牵头负责普法工作。

　　（五）自然生态保护处。指导、协调、监督生态保护工作。组织编制生态保护规划和生态功能区划；协调并监督相关部门开展生态保护工作；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。指导、协调并监督农村环境保护工作，指导农村环境综合整治和生态农业建设。指导、协调、监督自然保护区、风景名胜区、森林公园等环境保护工作，协调和监督生物多样性、野生动植物、湿地环境保护工作，参与生物安全管理工作。提出新建各类市级自然保护区审批建议；组织、指导生态示范创建；参与循环经济发展工作；负责地方党政领导班子环境保护实绩评价。承担生态市建设工作领导小组办公室的日常工作。

　　（六）污染防治处。负责水体、大气、噪声、光、机动车等污染防治的监督管理。组织拟订污染防治的制度和规范并监督实施；负责全市重点区域、流域、行业的污染防治工作；组织指导城镇环境综合整治工作；负责实施城市环境综合整治定量考核工作；组织创建省及国家环保模范城市；组织实施企业环境行为信用等级评价制度，公布企业环保信用信息情况；组织创建市级绿色企业并负责实施绿色系列(信贷、保险、证券和采购等)相关制度；组织开展企业强制性清洁生产审核。组织实施与污染防治有关的环境经济政策；组织实施跨行政区域河流交接断面水质考核管理等环境管理制度；监督管理饮用水水源地环境保护工作；指导、协调和监督海洋环境保护工作，监督管理海岸工程、陆源污染、拆船等海洋环境污染防治工作。

　　（七）污染物排放总量控制处。承担落实国家、省和本市减排目标责任。拟订主要污染物排放总量控制、排污许可证和环境统计制度与规范并监督实施；组织编制并实施主要污染物总量控制计划；检查、督促各地各部门落实排污总量控制、主要污染物减排工作和减排工程运行情况；组织实施污染减排责任制考核；组织指导排污权有偿使用和交易试点工作；负责环境统计和污染源普查工作；组织编制并发布环境统计年报和统计报告。承担市节能减排工作领导小组污染减排办公室的日常工作。

　　（八）塘河管理处。组织拟订温瑞塘河保护、建设、管理中长期计划和年度计划并督促落实；负责组织温瑞塘河流域各区（市）、各功能区河道建设、保护、管理责任制执行和工作绩效综合考评；协调、监督相关涉河执法单位做好温瑞塘河执法管理工作；指导做好温瑞塘河河面保洁工作；协助做好温瑞塘河水质监测工作；承担市温瑞塘河综合整治工作委员会办公室的日常工作。

　　（九）行政审批处。负责指导全市环保部门的行政审批工作。负责环境准入，从源头上预防、控制环境污染和生态破坏。组织拟订建设项目管理制度和规范并组织实施；负责组织开展对规划环境影响评价、政策环境影响评价的审查工作；负责对环境影响评价单位的资质审核和管理。指导开发区、工业园区生态化建设与改造工作。负责建设项目环境影响评价文件、建设项目试生产、建设项目环保“三同时”验收、危险废物经营许可证（医疗废物）、限制进口类可用作原料的固体废物申请书、危险废物经营许可证、危险废物交换转移、污染物排放许可证申领、污染防治设施的拆除和闲置等许可事项的审批；负责环境影响后评价、区域限批制度的执行；负责ISO14000、环境标志等认证环境守法情况审查、环保上市核查、环境污染治理设施运营资质单位年度预考核、环境污染治理设施运营资质预认可等非行政许可事项的办理。

　　（十）辐射环境管理处。监督管理核技术应用、电磁电离辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作。拟订辐射环境保护规划、制度和规范并监督实施；指导、协调辐射环境质量监测和重点辐射源的监督性监测；承担放射性废物管理工作；监督管理从事放射性同位素与射线装置生产、使用、销售单位的辐射安全工作；组织拟订和实施辐射事故应急预案；参与核与辐射恐怖事件的防范与处置工作。

　　（十一）建设与科技处。负责综合协调、督促、检查温瑞塘河建设项目；参与监督温瑞塘河建设项目的工程质量和安全工作；指导、监督温瑞塘河保护区范围内重要建设工程设计、监理、招投标等技术管理工作；参与温瑞塘河保护区范围内建设项目审批前期工作；提出温瑞塘河保护区内建设项目的审查意见并参与验收；组织、指导温瑞塘河文化的研究、建设和管理工作。

　　负责环境保护科技进步工作，组织拟订环境保护科技发展规划、计划并监督实施；推动环境技术管理体系建设；组织环境保护与温瑞塘河综合治理科技攻关和技术工程示范；组织开展环境保护和温瑞塘河综合整治科技成果有关科学研究、技术推广；参与组织和指导环境保护科技人才队伍建设；指导和推动环境保护产业发展；开展环境保护国际技术合作和交流。

　　机关党委。负责局机关及其直属单位的党群工作。