概况　2017年，温州市有泰顺乌岩岭、平阳南麂列岛、泰顺氡泉和瑞安大洋坑等4个不同等级自然保护区，总面积412.66平方千米。前二者是国家级自然保护区，后二者是省级自然保护区。

乌岩岭国家级自然保护区　位于泰顺县西北部，属洞宫山脉，西连福建省寿宁县，北接本省景宁县，最高峰白云尖海拔1611.3米，为温州第一高峰。总面积18861.5公顷，是中国濒临东海最近、温州市唯一的森林生态与野生动物类型国家级自然保护区，是中国特产珍禽、世界濒危鸟类黄腹角雉的唯一保种基地和原产地人工繁殖基地，也是飞云江和珊溪水库的发源地及水源涵养区，拥有“天然生物基因库”“绿色生态博物馆”和“天然氧吧”等美称。保护区地表水为超一类水质。森林覆盖率98%，有完整的大面积原生性常绿阔叶林。有维管束植物2150种，占浙江省植物种数的50%以上，其中列为国家一、二级保护的有南方红豆杉、柏栎树、香果树等24种，有浙江雪胆、泰顺杜鹃等6个植物新种和33个浙江新分布种。已查明有昆虫2133种，脊椎动物342种，后者占浙江省种类的53%，有国家一级保护动物黄腹角雉、白颈长尾雉、云豹、金钱豹、黑麂、金斑喙凤蝶等8种。无线电遥测研究显示，保护区黄腹角雉总量400余只，是已知的野生黄腹角雉最高种群密度区。

南麂列岛国家级海洋自然保护区　位于浙南沿岸海域，总面积20106公顷，海域面积19071公顷，属于亚热带海洋季风气候区。南麂列岛为基岩丘陵岛屿，由23个海岛、14个暗礁、55个明礁等组成，最大岛为南麂岛，面积7平方千米；最高峰为大山，海拔229米，总面积20106公顷。该保护区地处温带和热带的过渡带，受台湾暖流和浙江沿岸流影响，贝藻类丰富，具有温带和热带两种区系和地域上断裂分布现象，是中国海域的重要贝藻类基因库。有海洋贝类403种，约占全国贝类总数的20%。海洋藻类174种，约占全国藻类总数的20%。除海洋贝类、藻类资源外，还有鱼类368种、虾蟹类生物180种。有陆源种子植物317种、脊椎动物55种。全区按功能分为核心区、缓冲区、开发区。保护区内众多的小岛，各具特色。大擂岛和竹岛生长大量的水仙花，俗称“水仙花岛”。此外，还有蛇岛、鸟岛等。南麂岛的三盘尾怪石众多，岩壁耸秀，草坪如茵，旅游资源丰富。